Pierwotnie cmentarz kościoła P. Marji, "cimiterium b. Marie virginis" wspomniany już w r. 1315 i tak go zwano do końca XVIII w.
Kościół N.P. Maryi stoi na własnym placu "Maryackim" zwanym, mającym 2,200 kw. sążni obszaru. Cmentarz okalający kościół, na którym grzebano pierwotnie parafian, a następnie zamożniejszych mieszkańców Rynku, otoczony był wysokim murem. W murze cmentarnym umieszczone były 3 większe i 2 mniejsze bramy, a na samym cmentarzu stały trzy kaplice. Zachodnia część cmentarza wchodziła w Rynek, i z Rynku, wprost dzisiejszych głównych drzwi wchodowych kościoła, była wielka brama wjezdna, za którą na wysokim słupie doryckim stał posąg N.P. Maryi Niepokalanej. Za słupem był wielki grób murowany, do którego w zimie składano ciała zmarłych, które następnie przy sprzyjające porze roku na cmentarzu grzebano. Pod figurę zaś podczas pomoru, znoszono zwłoki zmarłych. które następnie wywożono na wozach za miasto,  i grzebano bądź w dołach w okolicach Łobzowa, bądź na ogólny cmentarzysku, założonym w XV wieku przez medyka Jana Welsa na Garbarach.
Na prawo od głównej bramy, na przechodzie ku kościołowi św. Barbary, stała na cmentarzu kapliczka "Ogrojcowa" z wiecznie płonąćą lampą. Do tej kapliczki, w wielkiem poszanowaniu i uwielbieniu parafian zostającej, szły procesye w wielki czwartek ze wszystkich kościołów krak.; -  i w tej kapliczce, w otwieranej szafie drzewianej, umieszczoną była słynna płaskorzeźba przedstawiająca Chrystusa Pana w ogrojcu, w :"starożytnościach" prof. Łepkowskiego, piórem i rylcem opisana.
Druga kaplica cmentarna, poświęcona czci P. Jezusa, stała głębiej na prawo za kapliczka ogrojcową, i służyła zarazem za grób dla mieszczańskich rodzin Miernikowiczów i Luzarkiewiczów; - zaś trzecia kapliczka pod wezwaniem Narodzenia N. P. Maryi, już w akcie lustracyi z r. 1791 jako zniszczona przytoczną została. 
Te mury i kaplice cmentarne, istniały aż do założenia powszechnego cmentarza na polach wsi Olszy w r. 1801. Po ich zburzeniu, posąg N.P. Maryi Niepokalanej przeniesiono za plantacye przed kościół OO. Kapucynów; płaskorzeźbę Chrystusa Pana w ogrojcu umieszczono na ścianie sąsiedniego domu; tablice grobowe wmurowano w zewnętrzne ściany kościoła; zaś kości osób na cmentarzu pogrzebanych, przeniesiono w 1922 na głównych cmentarz. Bezpośrednio do muru cmentarza dostawione były dwa domy.
Louis, Józef Tadeusz (1832-1898) "Przechadzka kronikarza po rynku Krakowskim"1890.

1797 IX 5 - Został wydany przez Komisję Nadworną Galicji dekret o przeniesieniu cmentarzy poza miejsca zamieszkane.

03.06.2010 szczątki ponad 200 osób, znalezione podczas prac archeologicznych pod krakowskim Rynkiem Głównym i w jego okolicy, uroczyście pochowano w kryptach Bazyliki Mariackiej.
W ceremonii pogrzebowej wzięło udział 20 duchownych z metropolitą krakowskim kard. Stanisławem Dziwiszem na czele, władze Krakowa, kompania honorowa krakowskiej Straży Miejskiej, bracia kurkowi i krakowianie.

Szczątki pochowano w 180 niedużych, prostych trumnach z jasnego drewna. Ułożone na czas mszy pogrzebowej w ośmiu długich rzędach zapełniły posadzkę prezbiterium świątyni. Ponumerowane trumny, każdą z oznaczeniem anonimowego pochówku - literami "NN", złożono po mszy do dwóch krypt w prawej nawie bazyliki.

Podczas trwających kilka lat prac wykopaliskowych w rejonie Rynku Głównego archeolodzy odsłonili pochówki 216 osób - 60 mężczyzn, 81 kobiet i 65 dzieci, w kilku przypadkach nie udało się zidentyfikować płci.

Z pochówku w Bazylice Mariackiej wyłączono 13 szkieletów - m.in. mężczyzny ze śladami po trepanacji czaszki, 3 osób podejrzanych o wampiryzm oraz pochodzące z zupełnie innego okresu szczątki 6 Szwedów ściętych w Krakowie podczas najazdu szwedzkiego. Szkielety te zostaną poddane dalszym badaniom naukowym. Ponadto 3 inne szkielety - kobiety, mężczyzny i dziecka zostały przeznaczone na wystawę stałą, która jesienią zostanie otwarta w podziemiach Rynku.

Pochówki na cmentarzysku pod obecnym Rynkiem były wczesnochrześcijańskim zwyczajem zorientowane na osi wschód-zachód, z głową zmarłego ułożoną w kierunku zachodnim. Groby miały rzędowy układ, zmarłych w większości pochowano w trumnach.

Szczątki zostały przebadane przez antropologów. Badania dowiodły m.in., że kondycja wczesnośredniowiecznych mieszkańców Krakowa była lepsza, niż w późniejszych wiekach, kiedy wraz z zagęszczeniem populacji pogorszyła się jakość żywienia, a wraz z nią warunki fizyczne ludzi. Wzrosła zachorowalność i śmiertelność.

"Populacja wczesnośredniowiecznego Krakowa miała się nieźle" - ocenia kierownik Zakładu Antropologii UJ, Henryk Głąb.

Z badań wynika, że na przykład śmiertelność dzieci nie była tak wysoka jak w późniejszych czasach. Umierało co trzecie, podczas gdy w późniejszych wiekach - prawie połowa.

Między innymi za sprawą dużej śmiertelności dzieci, przeciętna wieku osób pochowanych na wczesnośredniowiecznym cmentarzysku w Krakowie była z dzisiejszej perspektywy szokująco niska - wynosiła 25 lat. W grupie 216 osobników archeolodzy natrafili na szczątki tylko kilku osób powyżej 60 roku życia.

Mężczyźni zamieszkujący przedlokacyjny Kraków mieli średnio 171 cm, a kobiety 163-164 cm wzrostu. Bardzo niewiele szkieletów nosiło ślady obrażeń po walce, a nawet urazów na skutek wypadków.

Naukowcy zauważyli też pewną prawidłowość w usytuowaniu pochówków. "Jeżeli założymy, że drewniana kaplica była tam gdzie obecnie Kościół Mariacki, to osoby pochowane najbliżej charakteryzowała za życia najlepsza kondycja" - powiedział PAP antropolog.

Ciekawostką jest miejsce pochówku osobnika ze śladami trepanacji czaszki. "Trepanowany mężczyzna był pochowany mniej więcej naprzeciw wejścia do dzisiejszego kościoła. Musiał być osobą znaczącą, skoro zrobiono mu trepanację. Zmarł w wieku 35-40 lat, co we wczesnym średniowieczu było rzadkością" - dodał antropolog. CZO