W 1986 r. rozpoczęto wznoszenie tymczasowej kaplicy pw. św. Józefa oraz śś. Apostołów Piotra i Pawła. Uroczystego jej poświęcenia dokonał w dniu 29.11.1986 r. bp Ignacy Tokarczuk. Lata dziewięćdziesiąte to dla parafii okres przygotowywania i rozpoczęcia budowy nowego kościoła parafialnego. Dnia 12.07.1995 r. w Rzymie papież Jan Paweł II poświęcił kamień węgielny pod budowę świątyni w Skołyszynie. Plac budowy poświęcił 09.05.1996 r. bp Edward Białogłowski. Budowa nowej świątyni rozpoczęła się wiosną 1997 r. Dnia 24.05.1998 r. uroczystego wmurowanie kamienia węgielnego dokonał, biskup rzeszowski Kazimierz Górny. W 1998 r. prowadzono prace przy wznoszeniu murów drugiego poziomu nowego kościoła parafialnego w Skołyszynie. Wiosną 1999 rozpoczęto przygotowania do pokrycia świątyni dachem. Prace budowlane i wykończeniowe ukończono w 2006 r. Dnia 10.12.2006 r. bp Kazimierz Górny dokonał uroczystego poświęcenia świątyni i ołtarza.