Ołtarz główny.

Nawa główna z organami 25- głosowymi, ufundowane przez XV ordynata Maurycego Zamoyskiego w 1895 r.

Ambona.

Kaplica Matki Bożej Odwachowskiej, w której znajduje się obraz olejny, malowany na desce, o wymiarach 75 x 57 cm, w ciepłej tonacji barwnej, przedstawia wizerunek Matki Bożej ujętej w półpostaci, frontalnie. Głowa Maryi jest zwrócona lekko w prawo. Maryja ma prawą rękę ułożoną skośnie na wysokości piersi, zaś lewą podtrzymuje Dzieciątko Jezus. Chrystus ma ugięte kolana, prawą ręką błogosławi, a w lewej trzyma rotulus (zwój). Maryja jest ubrana w mafortium (rodzaj płaszcza) koloru ciemnołososiowego, ozdobione złotą lamówką z frędzlami. Pod szyją jest widoczna biała kreza (rodzaj kołnierza) i różowo prążkowana szata spodnia. Głowę Madonny otacza nimb złożony z dwu kręgów: ugrowego i jasnokremowo-złotego. Nimb zewnętrzny wyznaczają czerwone punkty. Na płaszcz częściowo przykrywający nimb jest nałożona złota korona, składająca się z siedmiu stylizowanych trójliści ozdobionych czerwonymi kamieniami. Na obręczy korony znajduje się siedem malowanych czerwonych kamieni. Chrystus jest ubrany w długi himation (rodzaj płaszcza) koloru jasnougrowego, związany pod szyją czerwoną tasiemką. Głowę otacza nimb z koroną. Twarze Madonny i Dzieciątka są śniade, o ciepłej karnacji, zbliżone do ormiańskiego typu urody, z brązowo-czarnymi oczami w ciemnej oprawie. Spojrzenia Madonny i Chrystusa są skierowane na widza. Ikonografia omawianego obrazu Matki Bożej Łaskawej pozwala go zaliczyć do typu przedstawień Hodegetrii (Dokumentacja konserwatorska, passim). Tradycja głosi, że lud Boży Zamościa i okolic od dawna oddawał cześć Matce Bożej w Jej łaskami słynącym Obrazie, najpierw w odwachu a potem w Kolegiacie Zamojskiej. O łaskach i cudach otrzymanych przez pośrednictwo Matki Bożej Opieki świadczą liczne wota rozmieszczone wokół Obrazu i w gablotach, takie jak: sznury pereł i korali, serca, ręce i nogi wykonane ze srebra i złota, krzyżyki oraz tabliczki. Najstarsze z nich pochodzą z początku XIX w. Koronacja obrazu - do koronacji Obrazu przygotowano w 1999 r. dwie korony. Wykonał je z darów wiernych Robert Honza, złotnik z Krakowa. Poświęcił je Papież Jan Paweł II 12 czerwca 1999 r. podczas wizyty w Zamościu. Obraz został uroczyście ukoronowany dnia 9 września 2000 r., na podium przed odwachem na Rynku Wielkim w Zamościu, przez Prymasa Polski kard. Józefa Glempa, z udziałem licznych biskupów, duchowieństwa i wielotysięcznej rzeszy wiernych. ( )

Ołtarz Jezusa Miłosiernego.

Rzeźby Drogi Krzyżowej w Kaplicy Chrystusa Ukrzyżowanego.

Kaplica Chrystusa Ukrzyżowanego.

Kaplica Akademicka z obrazem świętego Jana Kantego, patrona Akademii Zamojskiej

Obraz Matki Boskiej Częstochowskiej w Kaplicy Matki Bożej Różańcowej.

Stół ołtarzowy w Kaplicy Matki Bożej Różańcowej.