Kościół zbudowany został prawdopodobnie w 1. połowie XVI w. Przed 1644 r. rozbudowany. Znajdował się wówczas we wsi Komorowice i nosił wezwanie św. Jana Chrzciciela. Kilkakrotnie odnawiany, prawdopodobnie przez pewien czas służył jako zbór protestancki. W pod koniec lat 40. XX w. został przeniesiony do Woli Justowskiej z przeznaczeniem na element zakładanego wówczas skansenu (którego ostatecznie jednak nie zrealizowano), w 1951 r. został też kościołem parafialnym (w Komorowicach przed drugą wojną światową zbudowano większy kościół, murowany). Charakterystycznymi elementami tej zabytkowej świątyni były: kwadratowa wieża o ścianach pochyłych, pokrytych gontem, z nadwieszoną izbicą i smukłą iglicą otoczoną czterema małymi wieżyczkami na narożnikach; otwarte soboty z rokokowymi stacjami Męki Pańskiej i dwoma małymi przedsionkami od strony południowej i zachodniej oraz oryginalny drewniany parkan pokryty gontem, okalający całą budowlę.
Niestety w 1978 r. już w Woli Justowskiej, kościół spłonął doszczętnie podczas pożaru od uderzenia pioruna. Został jednak wiernie odbudowany. Ponowny pożar strawił ów kościół w 2002 r.