20 czerwca 1897 roku Stanisław Wyspiański powiadomił Lucjana Rydla o otrzymaniu od gwardiana franciszkanów, Samuela Rajssa, zlecenia na opracowanie projektów witraży i określił temat przedstawień jako Żywioły. Żywioł Ognia wyobraził artysta pod postacią czerwonych kwiatów (maki i lilie płomykowe oraz płonącego ogniska. W oknach po drugiej stronie prezbiterium artysta ukazał Żywioł wody, wyobrażony przez zalew wód i kwitnące nad niemi kosaćce (popularnie irysami zwane), w drugim białe grządziele i grzybienie, gwiazdy naszych wód stojących. 
Wydaje się, że po opracowaniu koncepcji Żywiołów Wyspiański wykonał projekt ze św. Franciszkiem, przeznaczony do okna  w zamknięciu prezbiterium. Artysta połączył w tej kompozycji dwa wydarzenia z życia świętego: otrzymanie stygmatów i „cud róż”. Ponad postacią świętego, ukazanego na tle suchego, a jednak zakwitającego sześcioma kwiatami krzewu różanego, Wyspiański przedstawił Chrystusa Ukrzyżowanego w postaci, w jakiej ukazał się Franciszkowi na górze La Verna w momencie stygmatyzacji.
Na kartonie do okna w zamknięciu prezbiterium po stronie Ewangelii Wyspiański przedstawił błogosławione klaryski, które przyczyniły się do powstania krakowskiego klasztoru Franciszkanów. Były to: Kinga, żona króla Bolesława Wstydliwego, Salomea, jego siostra, oraz Jolanta, siostra Kingi. Pełna wersja kartonu jest znana tylko z reprodukcji[Muczkowski 1901, il. 8], a w zachowanym kartonie trzy pola przeznaczone dla postaci są puste. Artysta wpisał figury niewiast o starczych, ascetycznych twarzach w bujne, żółte dziewanny i białe lilie (symbole kobiecości i niewinności), proponując koncepcję odbiegającą od tradycyjnej ikonografii i ówczesnego kanonu piękna reprezentowanego przez malarstwo nazareńczyków.  Franciszkanie nie zaakceptowali bowiem kompozycji, w której Wyspiański przedstawił trzy jedna za drugą zakonnice tj. błogosławione Salomeę, Kunegundę i Jolantę wśród kwiatów […] gdyż robiły wrażenie trupów .
Początkowo rozważano jedynie zmianę sposobu opracowania głów zakonnic. Od artysty lub rysownika z tyrolskiego zakładu oczekiwano korekt, które uczyniłyby zakonnice ładniejszymi. Wyspiański pomysłu nie zaakceptował, a Ekielskiemu miał powiedzieć, że innych figur zrobić nie potrafi. 17 kwietnia 1899 roku w liście do gwardiana Rajssa artysta nie krył oburzenia: ponieważ ....."pod żadnym pozorem nikomu nie wolno wykańczać pracę przeze mnie rozpoczętą, – więc mowy być o tem nie może, aby tego ktoś dokonywał....... "
Wedle świadectwa Lucjana Rydla artysta nie chciał i nie mógł odstąpić od swego pomysłu, zwłaszcza iż chciano narzucić pojęcie świętej banalne i płaskie. Rzecz jasna, że oo. franciszkanom przysługiwało prawo odrzucenia całego witrażu i zamówienie go u kogo innego, kto by się zgodził tworzyć pod ich dyktandem. Wybrano jednak drogę inną, najmniej właściwą. Pozostawiwszy kwiaty pomysłu Wyspiańskiego, zamówiono postać św. Salomei u innego malarza i osadzono ją w środkowej części okna bez wiedzy i woli tego, kto całość stworzył. Nie zważając bowiem na protest artysty, gwardian zdecydował o zredukowaniu ilości błogosławionych klarysek do jednej postaci – bł. Salomei, i zlecił Władysławowi Rossowskiemu namalowanie ukazującego ją obrazu, na podstawie którego Bernard Rice opracował karton odpowiadający oczekiwaniom zakonników. Zmiana koncepcji spowodowała konieczność uzupełnienia pól po obu stronach bł. Salomei, opustoszałych w wyniku usunięcia postaci dwóch pozostałych zakonnic. Rice wypełnił wolne pola kwiatami, czerpiąc motywy z partii roślinnych zaprojektowanych przez Wyspiańskiego. Innsbrucki artysta jest też autorem kompozycji w polach maswerku. Witraż ze słodką bł. Salomeą, stojącą ze skromnie spuszczoną głową, widoczny jest na fotografii wnętrza prezbiterium, wykonanej w firmie Kriegerów przed rokiem 1901.
Gdy w roku 1904 w zachodnim oknie franciszkańskiej świątyni osadzono witraż Bóg Ojciec, nadal nierozwiązana była kwestia witrażu z bł. Salomeą. Decyzja gwardiana Rajssa podjęta w roku 1899, by w miejsce trzech klarysek projektu Wyspiańskiego umieścić w witrażu jedynie postać bł. Salomei namalowanej według obrazu Rossowskiego, od samego początku wywoływała krytyczne komentarze. Nadaremnie protestował również sam artysta. Nawet kronikarz klasztorny, o. Joachim Kuszela, zauważał: dodatki fabrycznego artysty oraz sam wizerunek świętej pędzla p. Rossowskiego nie harmonizują z całością. Ten łatany witraż krytycznie opisał niedługo po osadzeniu Maciej Szukiewicz: W ten sposób stało się, iż w obramienie kwiatowe, wykonane przez Wyspiańskiego, wstawiono nieudolnie nakreśloną figurę świętej cudzego pomysłu i w najwyższym stopniu zepsuto tem całe okno. Wymaga ono koniecznych zmian. Szpecą je żółte szkła, ułożone bezzasadnie u stóp świętej i równie bezzasadnie w las białych lilij, wśród których święta stoi, wplątane żółte, z resztą rysunku [Wyspiańskiego] nielicujące, kwiaty.
Dopiero po kilku latach Wyspiański, za namową przyjaciół, opracował karton z ekspresyjną postacią bł. Salomei. Szkic narysował 15 lutego 1902 roku. Karton musiał ukończyć najdalej wczesną jesienią, bowiem w październiku zamierzał go zaprezentować na I Salonie Polskim w Towarzystwie Przyjaciół Sztuk Pięknych w Krakowie. Właścicielką kartonu była doktorowa Eliza Pareńska . Dwa lata później artysta namalował replikę, która w przeciwieństwie do kartonu z roku 1902 jest sygnowana i datowana.
6 marca 1904 roku Karol Knaus powiadomił Wyspiańskiego, że nowy gwardian, o. Peregryn Haczela, zgadza się na wykonanie nowych kwater z postacią bł. Salomei. Z nieznanych przyczyn długo nie wysyłano kartonu do Innsbrucka. Dopiero trzy lata później następca o. Haczeli, gwardian Alojzy Karwacki, powrócił do kwestii wymiany kwater z postacią błogosławionej klaryski. 15 lipca 1907 roku pisał do Wyspiańskiego, wówczas już bardzo chorego:
"Od dawna wyczekujemy na karton błog. Salomei do okna w kościele franciszkańskim. W tym roku pragnąłbym go widzieć na miejscu, a usunąć niewłaściwy i niestosowny obraz tejże rysunku p. Rossowskiego. Słyszę, że karton już dawno prawie gotowy – otóż najuprzejmiej proszę o udzielenie go nam w jak najkrótszym czasie, a bardzo będziemy zobowiązani. Niech obcy obraz nie szpeci pięknych okien W. Pana artysty"Do realizacji projektu doszło jednak dopiero w lipcu następnego roku, kiedy artysta już nie żył. Wykonawcą był Krakowski Zakład Witrażów S.G. Żeleński. Kwatery z figurą bł. Salomei według Rossowskiego zostały przeniesione do okna we wschodnim ramieniu krużganków, gdzie znajdują się do dzisiaj.
Pod koniec okupacji niemieckiej, w sierpniu 1944 roku, franciszkanie wymontowali z okien trzy witraże figuralne: Św. Franciszek , Bł. Salomea oraz Bóg Ojciec i złożyli je w skrzyniach w piwnicach klasztoru. W oknach założono w ich zastępstwie tafle szkła katedralnego, które następnie – w związku z obowiązującym zaciemnieniem – pomalowano specjalnym lakierem w kolorze zielonym, przepuszczającym światło słoneczne.

(Źródło: Corpus Vitrearum Polska, Międzyuczelniane Centrum Badań Witrażowych, Kościół Franciszkanów pw. św. Franciszka w Krakowie, Identyfikator: Krak/KCent/14 )