Jezioro Kisajno leży na Pojezierzu Mazurskim w Krainie Wielkich Jezior Mazurskich. Jeziora tej Krainy połączone są kanałami mazurskimi. Kisajno razem z pięcioma innymi (Mamry Północne zwane właściwymi, Kirsajty, Dargin, Święcajty, Dobskie) tworzy cały kompleks znany pod nazwą "Mamry".
Jezioro o rozwiniętej linii brzegowej, urozmaiconej półwyspami i zatokami oraz 18 wyspami, które są ścisłym rezerwatem ptactwa wodnego. Roślinność wodna obfita. Oczerety występują prawie u wszystkich brzegów.
Mamry Południowe
Północna część Kisajna kończy się szerokim przejściem na jezioro Dargin pomiędzy Królewskim Rogiem i Fuledzkim Rogiem, od południa jezioro łączy się przez 2 kanały z jeziorem Niegocin. Kanał wschodni to tzw. Kanał Giżycki (Łuczański) i prowadzi przez centrum Giżycka. Korzystać mogą z niego zarówno te większe statki (np. pasażerskie żeglugi Mazurskiej), jak i mniejsze. Zachodni to tzw. Kanał Piękna Góra i prowadzi do jeziora Tajty lub w drugą stronę Kanałem Niegocińskim właśnie do jeziora Niegocin. Kanał Niegociński służy dla mniejszych jednostek pływających.
Dane statystyczne:
- powierzchnia: 1896 ha
- długość maksymalna: 8,5 km
- szerokość maksymalna: 3 km
- głębokość maksymalna: 25 m
- linia brzegowa - 50 km