Kaplica powstała w latach 1678–1681 z inicjatywy gdańskich katolików z pomocą króla Jana III Sobieskiego. Wybudowana została jako tymczasowa kaplica katolicka dla wiernych w czasie, gdy kościół Mariacki był w rękach protestantów. Zbudowana za pieniądze pozostawione na ten cel w testamencie prymasa Rzeczypospolitej Andrzeja Olszowskiego (80 000 złotych) uzupełnione darowizną króla (20 000 złotych). Domniemanym architektem kaplicy był Tylman z Gameren, budowniczym Barthel Ranisch, a twórcą wystroju wnętrza Andreas Schlüter.