Jezioro Mikołajskie ma powierzchnię 5 km², długość 5,8 km, maksymalną szerokość 1,6 km i maksymalną głębokość 25,9 m. Jezioro na północy łączy się z Jeziorem Tałty pod mostem drogowym w Mikołajkach. Akwen zasilany jest wodami jeziora Tałty, od północy i Bełdany od południa.