Kościół pobernardyński (obecnie garnizonowy) należy do najstarszych zabytków Bydgoszczy. Zbudowano go w stylu późnogotyckim w latach 1552-1557 na miejscu spalonego w 1545 r. kościoła drewnianego z lat 1480-1485, zbudowanego dla bernardynów, sprowadzonych do Bydgoszczy przez biskupa włocławskiego Zbiegniewa Oleśnickiego. Ulokowano ich na dawnym Przedmieściu Toruńskim (Kujawskim), ok. 450 m na wschód od Starego Rynku, w miejscu fragmentu dawnych ogrodów zamkowych (zamek w Bydgoszczy). Był to kościół niewielki i niewyróżniający się wyjątkową architekturą. W XVII w. dobudowano do niego kwadratową renesansową w formie wieżę oraz 2 kaplice boczne.

W okresie zaborów, w 1829 r. skasowano konwent bernardynów, kościół przekazano protestantom, a klasztor protestanckiemu seminarium nauczycielskiemu, które działało tu do 1920 r. (następnie do 1969 r. działało tu technikum rolnicze, później Akademia Techniczno-Rolnicza, w 2006 r. przemianowana na Uniwersytet Technologiczno-Przyrodniczy). Wkrótce jednak funkcja kościoła zmieniła się: użytkowano go jako składnicę mebli, słomy, wytórnię naboi. W 1865 r. przywrócono funkcję religijną jako kościół garnizonowy dla armii pruskiej.
W latach 1864-1866 kościół przeszedł przekształcenie, kiedy to nadano mu formy neogotyckie: zburzono krużganki klasztorne, po zachodniej stronie nadbudowano znacznie okrągłą wieżę schodową, kruchtę i szczyt.
Wnętrze jednonawowe, sklepione gwieździście. Nie ma wyróżniających się i licznych zabytków wyposażenia, z których najstarsza jest ambona z 2. poł. XVIII w. z płaskorzeźbami czterech ewangelistów, zrekonstruowana w 1864 r.
Za