Stacja kolejowa powstała w 1867 roku, po otwarciu połączenia kolejowego do Bartoszyc. Rok później powstał szlak do Ełku, zaś w 1907 roku otwarto połączenie do Węgorzewa. Stacja posiada 5 torów głównych, z których jeden posiada możliwość wyjazdu jedynie w kierunku Węgorzewa. Od czerwca 2014 roku zmodernizowano budynek dworca PKP, parkingu oraz całej ulicy Dworcowej. Od 2016 roku uruchamiane są sezonowe połączenia Kętrzyn - Węgorzewo, organizowane przez SKPL Cargo.