Po pożarze w 1595 r. część rezydencji przebudowano w stylu wczesnego baroku. Kierujący pracami architekt królewski Jan Trevano wzniósł przy północnym skrzydle pałacu dwie wieże: Zygmunta III Wazy i tzw. Sobieskiego, a także ustawił mur z trzema jednakowymi bramkami wokół kościoła, wykony w 1619 roku. Giovanni Battista Trevano (zm. 1644 w Krakowie) – pochodzący z Lugano (Szwajcaria), architekt tesyński (Ticino, też Tessyn – najdalej wysunięty na południe kanton Szwajcarii) czynny w Rzeczypospolitej od 1595. Od roku 1613 architekt nadworny króla Polski Zygmunta III Wazy, jeden z najwybitniejszych przedstawicieli wczesnego baroku rzymskiego. Był uczniem Carla Maderny. Brał udział w obronie Smoleńska.