Synagoga została zbudowana w 1610 roku. W latach 1660 i 1739 synagogę trawiły pożary, po których była gruntownie odbudowywana i restaurowana. W 1842 roku synagoga po raz kolejny spłonęła, po czym została przebudowana, uzyskując dwie przybudówki od strony zachodniej i południowej, z czego do dnia dzisiejszego ocalała jedynie zachodnia. Podczas II wojny światowej hitlerowcy zdewastowali synagogę, a w 1944 roku podpalili ją. W latach 1953-1963 synagoga została ostatecznie gruntownie odrestaurowana. W 1959 roku usunięto ostatnie ślady polichromii. Obecnym właścicielem synagogi jest Gmina Wyznaniowa Żydowska w Krakowie, a dzierżawcą − archiwum, które nie udostępnia wnętrz zwiedzającym. Przy archiwum mieści się również Ośrodek Badań Historii Żydów, zajmujący się gromadzeniem, zabezpieczaniem, przechowywaniem i opracowywaniem materiałów archiwalnych o tematyce żydowskiej. Na ścianie znajduje się − poświęcona pomordowanym Żydom podczas Holokaustu − tablica pamiątkowa z wersetem: "Bym mógł dniem i nocą opłakiwać zabitych, córy mojego ludu" , żródło: