Wcześniej na tym miejscu stał gotycki Ratusz Nowomiejski, zamieniony w 1668 roku na kościół ewangelicki (luterański) pod wezwaniem Trójcy Św. Na skutek złego stanu technicznego przystąpiono w 1818 roku do jego rozbiórki. W 1824 roku ukończono budowę obecnego, w tzw. stylu arkadowym (Rundbogenstil), z klasycystycznym wnętrzem, według projektu dostarczonego przez Wyższą Deputację Budowlaną opracowanego prawdopodobnie z dużym udziałem Karla Friedricha Schinkla. Do 1927 roku w budynku znajdował się kościół ewangelicko-unijny, odtąd do 1939 roku pełnił on funkcję cerkwi prawosławnej św. Mikołaja.
Po II wojnie światowej w budynku urządzono magazyny. W 1994 roku dokonano renowacji, w latach 1993-1999 odbywał się w nim Międzynarodowy Festiwal Sztuki Autorów Zdjęć Filmowych Camerimage. Od początku XXI wieku w budynku odbywają się coroczne obchody Święta Reformacji, organizowane przez ewangelikalne Kościoły protestanckie, zrzeszone w Toruńskim Przymierzu Protestanckim.
W 1990 roku obiekt wpisano do rejestru zabytków. W 2005 roku odnowiona została wieża dawnego kościoła, a także elewacja zachodnia, natomiast na początku 2006 roku elewacja południowa i północna.
Część wyposażenia kościoła (w tym XVIII-wieczny obraz Adoracja Baranka Apokaliptycznego) została przeniesiona do kościoła ewangelicko-augsburskiego św. Szczepana przy Wałach gen. Sikorskiego. Stamtąd w latach 50. XX w. obraz ołtarzowy "Chrystus Zmartwychwstały", malowany przez Paula Händlera 1891 roku dostał się do ewangelickiego kościoła św. Trójcy w Warszawie, a klasycystyczne retabulum do Starej Iwicznej. Dzwony przeniesiono do katedry w Pelplinie, ambonę do kościoła św. Antoniego na Wrzosach w Toruniu. Organy uległy całkowitej dewastacji. Za: