Kościół wzniesiono na zrębach dawnej świątyni w latach 1610–1663 mu styl manierystyczny. Konsekracja kościoła dedykowanego Trójcy Świętej oraz Narodzeniu Najświętszej Marii Panny odbyła się 22 lipca 1663. Prezbiterium oraz korpus nawowy przetrwały do czasów współczesnych. W II połowie XVIII wieku dokonano kompleksowej przebudowy kościoła. Jej inicjatorami i fundatorami byli dwaj kolejni opaci koronowscy Stefan Mikołaj i Jan Antoni Chrząstowscy. Dobudowano wtedy dwie kaplice boczne oraz kruchtę po zachodniej stronie kościoła. Założono sklepienia korpusu nawowego, a wieżę nakryto hełmem. W tej postaci kościół dotrwał do czasów współczesnych. Kościół usytuowany jest na wzniesieniu, którego zbocza opadają w stronę jezior byszewskich.