Wielki Młyn został wzniesiony przez Krzyżaków w 1350 roku. jako jedna z najważniejszych inwestycji krzyżackich w Gdańsku. Młyn zlokalizowano między ramionami Kanału Raduni, jego nurt napędzał 12 kół wodnych (po sześć z każdej strony), a na ogromnym poddaszu urządzono magazyn na zboże i przemieloną mąkę.
W młynie przerabiano też jęczmień na słód, obsługiwano potrzeby lokalne i wykorzystywano możliwości eksportowe.