Chór zakonny usytuowany jest za ołtarzem głównym. W pomieszczeniu znajduje się ołtarz, w którym w centralnym punkcie widnieje krucyfiks na tle płaskorzeźby wyobrażającej Dróżki Kalwaryjskie. Krzyż ten wykonano na polecenie Mikołaja Zebrzydowskiego, pierwotnie był umieszczony w Kościele Ukrzyżowania.
Z trzech stron znajdują się drewniane stalle , a na środku pulpit, które zostały wykonane przez zakonników bernardyńskich w XVII w. Płaskorzeźby przedstawiają sceny z życia Matki Bożej.