Kościół Bożego Ciała został zbudowany na początku XV wieku. Kościół posiadał unikatowe drewniane, wiszące sklepienie nie unoszące się ku górze, lecz opuszczające się ku dołowi, przedstawiającym jak gdyby spływające z góry łaskę Bożą. W czasie przebudowy w latach dziewięćdziesiątych XIX wieku mistrz ciesielski Fechter rozbudował również sklepienie w nowo powstałej części kościoła.
W czasie walk o Elbląg kościół został wypalony, a jego wyposażenie nie wiadomo czy ewakuowano, czy również spalone. Do roku 1973 stał zrujnowany, a później po odpowiedniej adaptacji stał się w 1976 siedzibą Spółdzielczego Domu Kultury "Pegaz".
W grudniu 1981 ówczesny wojewoda elbląski na wniosek NSZZ Solidarność wydał decyzję o zwróceniu kościoła pw. Bożego Ciała władzom kościelnym.
Obecnie w budynku mieści się Diecezjalny Ośrodek Duszpasterstwa, Centrum Kultury Chrześcijańskiej oraz kaplica (na ostatnim piętrze). .