Siedziba zboru znajduje się w XIX-wiecznym zbudowanym 1818-1819 zespole pomenonickim, składającym się z kaplicy i plebanii, położonym nieopodal historycznego Śródmieścia, skrzyżowania dróg krajowych nr 91 i 7, tuż przy stacji SKM Gdańsk Śródmieście.