Kościół został zbudowany jako część katolickiego zespołu szpitalnego pod wezwaniem Bożego Ciała. Przyjmuje się, chociaż nie jest to oficjalnie potwierdzone, że zespół powstał w 1350 roku. Pierwsza wzmianka o kościele pochodzi z 1385 roku. Pierwsza potwierdzona informacja o szpitalu i kaplicy pochodzi z 1395 roku. Pierwotnie był to kościół filialny parafii mariackiej. Gotycka kaplica szpitalna została rozbudowana pod koniec XV stulecia i pełniła odtąd funkcję prezbiterium powiększonej świątyni. Przyjmuje się, że rozbudowa kaplicy została rozpoczęta jeszcze przed 1454 roku i została przerwana w związku z wybuchem wojny trzynastoletniej (1454–1466). Obecna forma kościoła powstała w wyniku odbudowy po oblężeniu w 1577 roku, wtedy to powstała główna nawa usytuowana w przybliżeniu na osi wschód-zachód. Od 1592 roku kościół pełnił funkcję ewangelickiego kościoła parafialnego. Zmiana funkcji kościoła spowodowała decyzję o rozbudowie świątyni. W latach 1688-1689 została wzniesiona, według projektu Barthela Ranischa, prostopadła barokowa nawa, usytuowana po północnej stronie korpusu. W 1707 pojawiła się zewnętrzna kazalnica z figurami apostołów i symbolizującą Chrystusa postacią pelikana (obecnie wewnątrz kościoła) W 1749 roku została wybudowana wschodnia wieża o konstrukcji szkieletowej, którą obmurowano w połowie XVIII stulecia. W 1916 roku świątynia została uszkodzona przez uderzenie pioruna, co spowodowało przeprowadzenie prac remontowych. W 1936 roku kościół przeszedł restaurację. Świątynia została nieznacznie zniszczona w czasie II wojny światowej (wywieziono organy, powypadały witraże, zginęły dwa dzwony i mechanizm zegara z wieży, ograbiono podziemne krypty. Na początku lat. 60. XX wieku została poddana rewaloryzacji. W 1974 roku kościół razem z plebanią zostały przekazane kościołowi polskokatolickiemu, żródło: