We wnętrzu świątyni znajduje się sklepienie kolebkowe z kasetonami, drewniane empory i zamontowane nad wejściem organy wykonane przez organmistrza Scherweita z Ełku. Z lewej i prawej strony prezbiterium są umieszczone dwa portrety mikołajskich pastorów, Andrzeja Kowalewskiego i Wojciecha Pomian-Pessaroviusa. Ściany kościoła są ozdobione obrazami i tablicami pamiątkowymi z XVII i XIX wieku. W skarbcu świątyni znajduje się zabytkowy kielich mszalny z 1772 roku.