Pierwsza wzmianka o kościele pochodzi z 1381 roku. Kościół w tym czasie stanowił element miejskiego systemu obronnego Nidzicy. Fragment murów obronnych został zachowany do dnia dzisiejszego i widoczny jest przy wejściu na plebanię od strony kościoła.
Budowla kościelna była wielokrotnie niszczona. Pierwszy raz spłonęła razem z rynkiem w 1414 roku, po raz kolejny została zniszczona w 1664 roku, a następnie w 1804 i 1914 roku. Kolejne remonty, odbudowy i przebudowy z lat 1579, 1689, 1725, 1817-1819, 1920-1924 stopniowo zmieniały wygląd zewnętrzny i kształt świątyni – ze stylu gotyckiego, przez neorenesansowy do arkadowego (pseudorenesansowy), który zachował się do czasów współczesnych.