Kościół przechodził różne koleje losu. W połowie XVI w. ówczesny właściciel stanowego księstwa sycowskiego hrabia von Maltzen, przekazał go protestantom, a kiedy księstwo znalazło się we władzy Abrahama von Dohna w 1596 r. odzyskali go katolicy. Jednak w latach 1633- 1637 ponownie zajęli go protestanci.

Podczas wizytacji przeprowadzonej 16.kwietnia 1638 r. , archidiakon Piotr Gebauer, zanotował, że kościół poświęcony Apostołowi Mateuszowi jest mały, biedny, splądrowany i bez dochodów. W następnych latach przeprowadzono remont. W aktach wizytowych z 1666 r. zapisano, że kościół jest drewniany, na wieży wiszą trzy dzwony, sklepienie drewniane łukowate, posadzka ceglana.
Niestety już w drugiej połowie XVIII w. kościół ponownie ulega zniszczeniu. Dlatego w 1777 r. staraniem ówczesnego proboszcza ks. Pawła Antoniego Monitza zbudowano nowy, tym razem murowany.
Nowej świątyni nadano tytuł Najświętszej Maryi Panny Wniebowziętej.

W 1925 r. parafię Trębaczów odłączono z archidiecezji wrocławskiej i przyłączono do archidiecezji poznańskiej.