Prace przy wznoszeniu budynku rozpoczęto latem 1886, stan surowy osiągnięto pod koniec 1887, a prace wykończeniowe trwały do połowy 1888. Kierownictwo budowy stanowili: inspektor budowlany Bergmann i architekt Dahms. Instalacja wodnokanalizacyjna i centralnego ogrzewania powstawała pod nadzorem rządowego architekta Richtera. Wieże budynku zostały zwieńczone żelaznymi masztami z miedzianymi kulami. Wnętrza obiektu zostały zaprojektowane z użyciem bogatych form architektonicznych i zdobień, które miały podkreślać znaczenie, dostojeństwo i powagę urzędu. W efekcie prac powstał okazały trzykondygnacyjny budynek z dwupoziomowym poddaszem, który do dzisiaj zalicza się do najbardziej reprezentacyjnych budynków municypalnych w Bydgoszczy.

Krótko po wybudowaniu głównego gmachu jego otoczenie wzbogacone zostało o nieduży budynek znajdujący się przy ul. Królowej Jadwigi oraz o szereg budynków gospodarczych m.in. garaże i kotłownię z charakterystycznym, wysokim kominem.

Koncepcja projektu (zarówno wyglądu jego elewacji, jak i wnętrz) miała odzwierciedlać pruski oficjalny styl architektury. W przypadku gmachu dyrekcji nawiązano do stosunkowo rzadko wykorzystywanego w sztuce oficjalnej Prus manieryzmu niderlandzkiego (odmiana neorenesansu).

W październiku 2013 budynek został przekazany Collegium Medicum Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu, w celu utworzenia w nim wydziału stomatologii. W początku 2018 wobec rezygnacji CM UMK z planów utworzenia wydziału stomatologii, uczelnia postanowiła zwrócić obiekt miastu.