Obiekt został wzniesiony na miejscu wybudowanego w 1637 drewnianego kościoła ewangelickiego i pełnił funkcje religijne do końca II wojny światowej. W okresie II Rzeczypospolitej należał do parafii przynależącej do superintendentury Bojanowo-Krotoszyn Ewangelickiego Kościoła Unijnego. W latach 1946-1989 znajdował się w nim magazyn. Stanowi mienie komunalne gminy Zduny . Obecnie jest wykorzystywany jako dom pogrzebowy. Obiekt określany jest także mianem kościoła pw. Serca Jezusowego.