Drewniany kościół pochodzi z 1554 roku, wieża wybudowana po 1571r. Do 1665 r. był kościołem protestanckim. W 1715 r. świątynię odrestaurowano, a po wichurze w 1784 r. odbudowano. Kolejna odbudowa miała miejsce po pożarze w 1967 r.

Pierwsze wzmianki o Szałszy pochodzą z I poł. XV w (1425 r.). Do 1447 r. nie pojawiały się żadne informacje na temat istnienia tutaj świątyni. Pierwszy kościół (lub kaplicę) zbudowano przypuszczalnie ok. 1460 r., na co wskazuje wiek głównego ołtarza kościoła. Nie wiadomo jednak nic na temat jej kształtu ani architekta. 200 lat później powstał obecny drewniany kościół, datowany na początek XVII w., który w I poł. XVII w. (do 1655 r.) był kościołem protestanckim.

W 1715 r. kościół odrestaurowano, kładąc m. in. nowy dach. W 1784 r. świątynię zniszczyła wichura, ale została ona odbudowana przez cieślę o nazwisku Kycia. Pod koniec XIX w. budowlę ponownie odrestaurowano odnawiając dach, nawę i chór, dobudowano wówczas również zakrystię. W 1968 r. pożar zniszczył znaczną część kościoła, jednak parafianie przywrócili mu wcześniejszą formę.

Dzisiejszy kościół pw. Narodzenia Najświętszej Maryi Panny stanowił do 1930 r. filię rzymskokatolickiej parafii Gliwice-Szobiszowice, a obecnie – parafii pw. św. Jana Chrzciciela (Gliwice-Żerniki).