Klasztor został ufundowany w 1629 przez Agnieszkę z Tęczyńskich Firlejową (1578–1644), wdowę po Mikołaju Firleju (zm. 1601), wojewodzinę krakowską, siostrę Jana Tęczyńskiego – ostatniego z rodu.Klasztorny kościół św. Eliasza konsekrowano w 1644. Aż do 1805 klasztor był pustelnią i wierni nie mieli do niego wstępu. Po wyłączeniu kościoła spod klauzury Czerna stała się miejscem kultu św. Rafała Kalinowskiego i Matki Boskiej Szkaplerznej, której obraz znajduje się w kościele. Klasztor ma plan czworoboku o wymiarach 70 × 70 m, w centrum którego znajduje się niewielki kościół, wzniesiony w rzucie krzyża, zaakcentowany wieżą. W bocznych skrzydłach klasztoru znajdują się pomieszczenia wspólne i cele zakonników, połączone krużgankiem. Do zabudowań przylega cmentarz, na którym znajduje się nagrobek gen. Aleksandra Błędowskiego pochowanego w 1831. Nagrobek wykonał Ferdynand Kuhn. Kościół św. Eliasza z 1631–1640, jest miejscem kultu Matki Boskiej Szkaplerznej i św. Rafała Kalinowskiego. Wzniesiony na planie krzyża łacińskiego w stylu wczesnobarokowym, zdobiony jest czarnym marmurem dębnickim (kamieniołom w Dębniku należał wówczas do klasztoru). Z tego materiału wykonane są m.in. ołtarze, posadzka i świeczniki oraz portal, prowadzący do kościoła, w którym nad drzwiami znajduje się sentencja: Ipse Deus locum secretum quaret. O beata solitudo. O sola beatitudo. Przy wejściu do kościoła, pod posadzką, została pochowana fundatorka klasztoru. Do kościoła przylegają dwie kaplice: św. Jana od Krzyża oraz św. Rafała Kalinowskiego, gdzie umieszczone są jego szczątki. W ołtarzu głównym znajduje się obraz przedstawiający św. Eliasza, namalowany przez Tomasza Dolabellę w 1640. W ołtarzu bocznym umieszczony jest otoczony czcią obraz Matki Boskiej Szkaplerznej z XVII wieku o wymiarach 208 × 107 cm. Obraz został koronowany koronami papieskimi w 1988. Przed kościołem znajduje się plac, przy którym w 1995 wykonano grotę z pomnikiem biblijnego proroka Eliasza i scenami z jego życia (dłuta Alfreda Kotkowskiego) oraz źródełko w kształcie serca z rzeźbą kruka, który według Biblii przynosił mu pożywienie. Na zboczu wzgórza, wznoszącym się przed kościołem, usytuowany jest ołtarz polowy, a nad nim (od 2005) punkt widokowy.