Kościół pełni funkcję świątyni parafialnej, sanktuarium i kolegiaty. Nosi godność bazyliki mniejszej. Stanowi wschodnią część dawnego kompleksu klasztornego dominikanów. Kościół Nawiedzenia Najświętszej Maryi Panny został zbudowany w latach 1610-1619 w stylu późnorenesansowym przez dominikanów, którzy zostali sprowadzeni do Sejn w 1602 roku z Wilna. Fundatorem sejneńskiego klasztoru był Jerzy Grodziński. Świątynia została konsekrowana przez biskupa Jerzego Tyszkiewicza w 1632 roku pod wezwaniem Najświętszej Maryi Panny, Św. Jerzego i Św. Jacka. W późniejszym czasie do kościoła został dobudowany kompleks zabudowań klasztornych, które ukończono w 1706 roku. W latach 1760-1779 dokonano przebudowy kościoła w stylu baroku wileńskiego. Fundatorką tego przedsięwzięcia była Róża z Platerów Strutyńska. Podczas przebudowy świątyni zmieniono orientację kościoła. W miejscu poprzedniego prezbiterium zbudowano monumentalną, dwuwieżową fasadę oraz przedłużono wnętrze o dwa przęsła. W trakcie prac zlikwidowano przybudówki połączone z korpusem nawowym i prezbiterium. Rozebrana została dzwonnica stojąca po północnej stronie kościoła.
W 1804 roku klasztor dominikański w Sejnach został skasowany przez władze pruskie. Kościół podominikański został zamieniony na parafialny. W 1818 roku kościół poklasztorny został podniesiony do godności katedry diecezji augustowskiej, a zabudowania klasztorne przeznaczone na siedzibę biskupa, kurii i seminarium duchownego. Po utworzeniu Republiki Litewskiej i Rzeczpospolitej Polskiej w 1925 roku diecezja augustowska został zniesiona i podzielona na dwie diecezje: wyłkowyską i łomżyńską. Siedziby biskupów przeniesiono do Łomży i Wyłkowyszek. Świątynia utraciła rangę katedralną i przez następne dziesięciolecia nie pełniła zaszczytnych funkcji pozostając jedynie lokalnym ośrodkiem pielgrzymkowym oraz kościołem parafialnym.
W 1973 roku w związku z planami rozwoju sanktuarium maryjnego i koronacją figury Matki Boskiej Sejneńskiej kościół podominikański został podniesiony do godności bazyliki mniejszej. W 2005 roku świątynia została ustanowiona kolegiatą kapituły sejneńsko-wigierskiej.
Kościół Nawiedzenia Najświętszej Marii Panny jest zbudowany z cegły o wątku nowożytnym, w stylu baroku wileńskiego. Obok kościoła w Różanymstoku stanowi jedyny przykład tego typu świątyni na terenach obecnej Polski. Kościół jest sześcioprzęsłową halą bez wydzielonego prezbiterium. Przęsło zachodnie mieści w przyziemiu kruchtę, powyżej chór muzyczny. Świątynia posiada dwie kaplice - Serca Jezusowego z 1661 roku oraz Matki Boskiej z 1881 roku. Wnętrze jest nakryte sklepieniem kolebkowym z lunetami wspartym na masywnych filarach na planie kwadratowym do których przylegają pilastry. Kościół jest zwrócony w stronę zachodnią, od strony wschodniej zamknięty dwuwieżową fasadą. Wieże kościoła są trójkondygnacyjne przykryte barokowymi hełmami. Fasada ma charakter zdecydowanie wertykalny, jest trójosiowa, dwukondygnacyjna.
www.wikipedia.pl