Po rozbiorze Polski dominikanom w Sejnach skonfiskowano wszystkie dobra, zakonników zaś przeniesiono do Różanegostoku. W 1. poł. XIX w. klasztor był wykorzystywany na cele oświatowe. W latach 1823-1919 mieściło się tutaj Seminarium Duchowe, które kształciło młodych kleryków dla diecezji sejneńskiej. W okresie międzywojennym w obiekcie tym miało swoją siedzibę Wyższe Klasyczne Gimnazjum Biskupie im. św. Kazimierza. Po II wojnie światowej w obiekcie poklasztornym mieściła się szkoła zawodowa, dom kultury, biblioteka miejska. W roku uroczystości koronacji Matki Boskiej Sejneńskiej celebrował prymas Polski kardynał Stefan Wyszyński oraz Metropolita Krakowski - kardynał Karol Wojtyła - przyszły papież. W 1989 r. po zmianach ustrojowych, klasztor przeszedł na własność kościoła.