Kiedy w 1844 roku podjęto decyzję o budowie linii kolejowej z Mysłowic do Krakowa zastanawiano się nad lokalizacją stacji końcowej. Początkowo planowano budowę w okolicach końca ul. Długiej, jednak to położenie, poza rogatkami miasta mogłoby stwarzać problemy natury celnej. Ponieważ Wolne Miasto, jakim był Kraków, było strefą wolnocłową, a w kolei upatrywano wzrostu obrotów z handlu, dlatego poszukiwano lokalizacji wewnątrz obrębu celnego miasta. W połowie 1844 udało się zakupić od rektora UJ - Józefa Brodowicza - obszerną posiadłość wraz z pałacykiem, leżącą tuż za plantami, na rogu ulicy Lubicz i Pawiej. Do pałacyku przeniesiono z kamienicy Treutlera na Rynku Głównym biura Towarzystwa Kolei Krakowsko-Górnośląskiej.

12 października 1844 roku o godz. 12:00 poświęcono kamień węgielny pod budynek dworca Kolei Krakowsko-Górnośląskiej. W uroczystości wzięli udział rezydenci Imperium Rosyjskiego i Królestwa Prus, przedstawiciele władz Wolnego Miasta Kraków, delegaci władz ze Śląska, goście z Królestwa Prus i Królestwa Polskiego, członkowie Towarzystwa Kolei Krakowsko-Górnośląskiej oraz licznie zgromadzeni Krakowianie. Pierwszy pociąg, ciągnięty przez parowóz o nazwie "Kraków", wyjechał z krakowskiego dworca na trasę do Mysłowic 13 października 1847 r. Srebrną miniaturę parowozu można było oglądać nieopodal dworca, na ekspozycji Bractwa Kurkowego w Celestacie.

Budynek dworca wzniesiono w modnym wówczas stylu neorenesansowym, znamiennym dla pruskiego budownictwa kolejowego Powstał on według projektu wrocławskiego architekta Petera Rosenbauma, inżyniera Kolei Górnośląskiej (OSE). Fasada zachodnia posiadała trzy ryzality, z których środkowy był bardziej wysunięty, wyższy i szerszy od pozostałych, usytuowanych na skrzydłach gmachu. W ryzalitach umieszczono wejścia do poczekalni, kas i biur kolejowych. Fasady południowa i północna miały wyższe części środkowe, ozdobione po bokach wielkimi oknami, między którymi znajdowały się cztery wysokie kolumny zakończone sklepionymi łukami. Pod każdym z trzech łuków biegły tory kolejowe umożliwiające wjazd pociągów do krytej hali, gdzie umieszczono perony. Hala peronowa nakryta była szklanym dachem, który umocowano na żelaznych wiązaniach podtrzymywanych przez żelazne filary. Rozplanowanie gmachu dworca dostosowane zostało do planowanego w przyszłości przelotowego ruchu kolejowego z zachodu na wschód. Tory przebiegały przez całą długość hali dworcowej, kończąc się na skraju ul. Lubicz, gdzie znajdowała się tarcza obrotowa służąca do kierowania parowozów na inne tory lub do ich zawracania. Pierwotny dworzec krakowski oddalony był od ul. Lubicz o ok. 50 metrów. Przed budynkiem od strony zachodniej umieszczono podjazd dla powozów i fiakrów oraz zieleniec. Od strony północnej wznosiły się magazyny, warsztaty i inne zabudowania kolejowe. Dworzec był najpierw stacją końcową. Stacją przelotową stał się dopiero w momencie wybudowania połączenia na wschód od Krakowa w kierunku lwowskim, co nastąpiło w roku 1855. W XIX wieku dworzec przeszedł jeszcze dwie przebudowy – w latach 1869–1871 oraz 1892–1894 – które ostatecznie nadały mu styl eklektyczny, który zachował po dzień dzisiejszy. Ostatnia przebudowa dworca miała miejsce w 1920 roku.

Dworzec pod koniec ubiegłego wieku był już znacznie za mały w stosunku do wymiany pasażerów (Kraków Główny jest 6. w Polsce stacją z największym ruchem pasażerskim). Pierwsze plany budowy KCK (Krakowskiego Centrum Komunikacyjnego) ogłoszono w... 1974 roku, po wybudowaniu warszawskiego Dworca Centralnego. I aż 40 lat Kraków musiał czekać na wybudowanie podziemnego dworca.

Stary Dworzec zamknięto w 2014 roku, szybko po oddaniu Nowego Dworca. W 2015 roku PKP rozważało przeznaczenie budynku na kino, jednak ze względów leżących po stronie sieci kin zainteresowanej takim rozwiązaniem, z pomysłu zrezygnowano. Utrudnieniem dla potencjalnym nabywców jest m.in. brak choćby symbolicznej liczby miejsc parkingowych zlokalizowanych bezpośrednio przy budynku dworca. Ich wyznaczenie jest obecnie niemożliwe. Ponadto zabytkowy charakter dworca jest niebywałą wartością, ale również utrudnieniem np. w przypadku konieczności przeróbek czy poważniejszych prac budowlanych, wymagających akceptacji konserwatora zabytków. Budynek wymaga remontu a jego koszt prawdopodobnie miałby pokryć potencjalny nabywca. PKP nie informuje ile kosztuje utrzymanie starego dworca, ale z pewnością okazyjne wynajmy nie są w stanie skompensować tych kosztów

(moose - różne źródła)