Wybudowany w latach 1674 – 1686 z fundacji Marcina Zamoyskiego IV ordynata i Hieronima Żaboklickiego – chorążego bracławskiego. Zaprojektowany przez Jana Michała Linka, jednonawowy z przylegającym od zachodu klasztorem reformatów, tworzył zamknięty czworobok. W 1784 r. przeprowadzono kasatę zakonu reformatów przez władze austryjackie. W czasie zaboru rosyjskiego w 1821 r. zburzono klasztor a z kościoła usunięto barokowe szczyty i sygnaturkę.
W pierwszych latach XX wieku przeprowadzono remont kościoła, który pod nowym wezwaniem św. Katarzyny stał się kościołem rektoralnym. W czasie II Wojny Światowej w 1939 r. w podziemiach kościoła ukrywano słynny obraz Jana Matejki „ Hołd Pruski”.
Źródło -: Zamojskie Centrum Informacji Turystycznej i Historycznej w Zamościu.