Na dachu biblioteki 12 czerwca 2002 roku otwarto zaprojektowany przez Irenę Bajerską ogród o łącznej powierzchni około 1 hektara. Ogród składa się z dwóch części: dolnej (o powierzchni 15 000 m2) i górnej (o powierzchni 2 000 m²), gdzie obie są połączone sztuczną rzeką (zwaną Cichą Rzeczką) oraz schodami. W dolnej części znajduje się sporo terenów wypoczynkowych, roślin ozdobnych oraz granitowe rzeźby wykonane przez Ryszarda Stryjeckiego w cyklu Szkic sytuacyjny.
Górna część podzielona jest dodatkowo na pięć obszarów, których nazwy wiążą się z kolorami kwitnienia umieszczonych tam roślin: srebrną, złotą, karminową, błękitną oraz zieloną. Na terenie ogrodu znajdują się liczne świetliki umożliwiające światłu wejście do biblioteki, a oczom widzów zajrzenie do środka świątyni wiedzy. Jeden ze świetlików, doświetlający czytelnię, zwany jest wulkanem wiedzy. Platforma widokowa pod postacią półsferycznej altany umożliwia oglądanie panoramy Wisły i Pragi.