Autorami projektu świątyni byli Edward Cichocki i Józef Huss. Do budowy przystąpiono w 1891. Kamień węgielny poświęcił 20 października 1892 arcybiskup warszawski Wincenty Teofil Popiel w asyście biskupa sufragana warszawskiego Kazimierza Ruszkiewicza. 10 grudnia 1896 pierwszą mszę św. w nowym kościele odprawił arcybiskup Popiel a ks. kanonik Ignacy Durewicz poświęcił świątynię. W tym czasie trwały jeszcze prace przy wyposażaniu wnętrza. Konsekracja kościoła przez biskupa Ruszkiewicza miała miejsce w 1905 (a nie jak podaje tablica erekcyjna w 1896). W 1903 erygowano przy kościele parafię.
W listopadzie 1940 kościół znalazł się na terenie warszawskiego getta. Z chwilą likwidacji getta, w kościele utworzono magazyn w którym składowano mienie zrabowane Żydom, następnie kościół sprofanowano i przekształcono na stajnię.Po powstaniu Niemcy podpalili dach świątyni: spłonęła sygnaturka, 30-głosowe organy, wszystkie drzwi zewnętrzne, ucierpiały kamienne elementy elewacji. Ogień zajął plebanię i dom parafialny. Niemcy mieli też w planie wysadzenie kościoła, czego jednak nie zrealizowali.
Po wojnie był najwyższą i jedną z niewielu budowli pozostałych na terenie byłego getta. Już w 1947 dzięki funduszom przyznanym na cele renowacyjne przez Radę Prymasowską Odbudowy Kościołów Warszawy obiekt oddano do użytku wiernym, nadal prowadząc prace remontowe. W 1953 otynkowano sklepienia naw bocznych i odnowiono sygnaturkę. W 2006 kościół po wielu latach zbiórek, zakupił organy, wyremontowano też dach wieży uszkodzony w czasie II wojny światowej.w 2013 roku przeprowadzono remont elewacji frontowej.