Pierwsza gotycka rezydencja przy dzisiejszej ulicy Franciszkańskiej powstała najprawdopodobniej z końcem XIV w., a w XVI w. została ona przebudowana w stylu renesansowym.Zapewne także wtedy ustalony został charakter gmachu, jako osobnej siedziby biskupiej. W poł. XVII w. biskup Piotr Gembicki postanowił gruntownie przebudować rezydencję w stylu wczesnego baroku, zachowując jednocześnie starsze fragmenty budowli.
Monumentalny budynek został wyposażony w dwa piękne portale, od strony ulicy Franciszkańskiej (zachowany do dziś) i od ulicy Wiślnej (pełniący wówczas rolę głównej bramy). W poł. XIX w. po ogromnym pożarze, jaki nawiedził Kraków, Pałac Biskupi został niemal doszczętnie zniszczony. Gmach jednak szybko odbudowano, a dzisiejszy, renesansowy wygląd nadał mu w latach 80-tych XIX w. architekt Tomasz Pryliński, znany przede wszystkim z dokonanej wcześniej przebudowy Sukiennic..
Za