Monumentalny zespół konfesjonałów wykonany został przez Michała Klahra Starszego w latach 1717 - 1720, pod wpływem traktatu jezuickiego artysty i architekta Andrea Pozzo. Składa się z czterech rozbudowanych części: poczwórnej w nawie południowej, potrójnej w północnej oraz dwóch podwójnych w narożnikach zachodniej części kościoła. Wszystkie razem tworzą falujący zespół długości 30m, wysokości 3,5 m, zakończony nieregularnym, przerywanym belkowaniem z naczółkami. Kompozytowe kolumny, na przemian proste i kręcone oraz pilastry, tworzą system pionowych podziałów. Całość dopełnia bogata dekoracja snycerska oraz figuralna, na którą składają się rzeźby: św. Marii Magdaleny, Chrystusa Dobrego Pasterza i adorujących aniołów. Kłodzkie konfesjonały należą do najwybitniejszych śląskich osiągnięć rzeźbiarskich 1. połowy XVIII wieku.