Dwukondygnacyjna zakrystia przylegająca do nawy południowej zbudowana została w pierwszym etapie barokowej przebudowy (2 poł. XVII w). Zmiany w architekturze kościoła polegały głównie na wprowadzeniu do obiektu otwartych w kierunku nawy głównej empor, ustawionych nad sklepieniami naw bocznych, oraz budowie trzech kaplic z zakrystią przy nawie południowej. Od południa przylegają: przedsionek, kaplica św. Jakuba, schody na emporę południową i do dwukondygnacyjnej galerii łączącej zakrystię z dawnym kolegium jezuickim. Gmach kolegium budowano 35 lat. Pozwolenie na budowę udzielił jezuitom generał zakonu o. Goswin Nickel (1652–1664) 14 marca 1654 r.Umowa budowy została podpisana 10 grudnia 1654 r. między rektorem kolegium o. Markiem Marianusem i cesarskim mistrzem budowlanym Carlo Lurago. Wmurowanie kamienia budowlanego nastąpiło 11 kwietnia 1655 r. W 1663 r. ukończono budowę skrzydła południowego, a w 1667 budynek szkoły. W 1673 r. znowu podjęto budowę, w 1688 położono fundament pod skrzydło północne, a przed zimą 1689 roku, można było położyć dach z wieżyczką i w 1690 zakończyć całą budowę.