Pierwsze wzmianki dotyczące kościoła franciszkanów (kościoła minorytów) p.w. św. Piotra i Pawła, pochodzą z 1285 roku. Po rozbudowie i dodaniu drugiej nawy (południowej) powtórnie został poświęcony. W czasie wielkiego pożaru Brzegu w 1494 roku został poważnie zniszczony. Jego odnowa zbiegła się z powstaniem przepięknego sieciowego sklepienia nawy.

W 1527 roku Franciszkanie opuszczają klasztor, który zostaje przejęty przez miasto na plac budowy (1557 r.). Nastęnie w zamian za opiekę nad kościołem św. Mikołaja, klasztor zostaje przekazany przez miasto księciu Jerzemu II (1582r.), który przebudowuje go na arsenał. W ciągu następnych lat kościół franciszkanów ulegał znacznym przebudowom m.in. wprowadzono podział na kondygnacje, w XVII i XVIII w. obniżono dachy, w 1722 r. kościół ten otynkowano, a w 1844 roku została przebudowana wieża. W XX wieku kościół pofranciszkański pełnił funkcje magazynu sprzętu przeciwpożarowego (od 1930 r.) i od 1946 roku magazynu towarowego. Obowiązek dbania o zabytek spoczywał na jego właścicielach, niestety nie zrobiono w tym zakresie praktycznie nic. Doprowadziło to do znacznego osłabienia dachu i powstania w nim nieszczelności, a w efekcie do zrujnowania konstrukcji. Bezcenna świątynia poszła w zapomnienie. Dała ponownie o sobie znać w 1997 roku, gdy na skutek wielkiej powodzi runęła wieża i część kościoła po jej wschodniej stronie.
Teren klasztoru porośnięty był krzakami i chwastami, a cały obiekt ogrodzono w obawie o bezpieczeństwo ludzi. Na ogrodzeniu widnieje tabliczka informująca o możliwości zawalenia ruiny. W ostatnim czasie zrobiło się również głośno o starej świątyni za sprawą przechyłu jej ścian na stronę bezpośrednio sąsiadującego budynku i realnej groźby zniszczenia go w wyniku zawalenia ściany kościoła.
Jesienią 2001 roku do Brzegu przybył sam ks. Kardynał Henryk Gulbinowicz, by zapoznać się dokładniej z planami dotyczącymi odbudowy Kościoła Pofrańciszkańskiego. Była to najprawdopodobniej najwyższa osobistość Kościoła, jaka nawiedziła kościół św. Piotra i Pawła w Brzegu. W następnych miesiącach ważą się losy świątyni: być albo nie być? Odbudować czy zburzyć? W grudniu 2001, ku radości wielu mieszkańców i nie tylko, zapadają bardzo ważne decyzje, stanowiące o odbudowie najstarszego brzeskiego zabytku. Pierwsze prace remontowe ruszają we wrześniu 2002 roku.