Klasztor został ufundowany przez Księcia Henryka I Brodatego aktem z dnia 28 VI 1203 roku. Jednak już wczesniej dzięki korespondencji Henryka I z papieżem Innocentym III ten drugi w 1202 roku bierze pod swoją opiekę klasztor i jego dobra. Z początku choć mało o tym źródeł klasztor był we władaniu benedyktynek by w 1218 roku przyjąć reguły cysterskie.Samą budowe klasztoru rozpoczeto od prezbiterium gdzie już w 1214 roku dokonano pierwszego pochówku Konrada Kedzierzawego - najmłodszego syna Henryka I. 5 lat później czyli w 1219 roku powstał kośiół i udostepniono wiernym prezbietrium i kaplice przy nim zbudowane.W 1238 umiera załozyciel Henryk I a w 1243 jego żona Jadwiga. Henryk zostaje pochowany w krypcie zaś jadwiga w południowej kaplicy św. Piotra. W 1267 roku przeniesiono ciało Jadwigi po jej kanonizacji do kaplicy św. Jana. Kaplicę św. Piotra zburzono a na jej miejsce wzniesiono w latach 1268 -1269 kaplice św. Jadwigi. Sponsorem kaplicy był wnuk Jadwigi Władysław Piast - arcybiskup Salzburga. W kaplicy św. Jana pozostawiono jednak symboliczny grobowiec. Przez następne 200 lat z klasztorem praktycznie nic szczególnego się nie działo. Przeżył najazd Tatarów bez wiekszego uszczerbku dopiero pożar jaki miał miejsce w 1414 i zniszczenie przez Husytów w 1432 odcisneły znaczące piętno na murach klasztornych. Odbudowa świątyni trwał cąłe 18 lat. W 1464 roku piorun niszczy kaplicę św. Jadwigi a w 1475 klasztor dotkliwie plądrują wojska Macieja Korwina. W 1483 zaraz zabija 15 mniszek klasztornych a pożar z 1486 rozpoczyna serię kolejnych nieszczęść nawiedzających budowlę. Kolejne pożary datowane są na lata 1505, 1515, 1595. Kolejną trudnością z którą borykał się klasztor od zaranai była chęc jego totalnej germanizacji, której źródłem byli opaci cysterscy z Lubiąża. Zakon ów narzucał klasztorowi w Trzebnicy charakter niemiecki mając świadomośc iż mniszki były pochodzenia polsko - śląskiego. W 1204-1210 w skłąd cysterek wchodziło 31 Polek, 3 Czeszki i 5 Niemek.
Wojna trzydziestoletnia zdecydowanie pogorszyłą stan majątkowy i finansowy klasztoru. Od 1626 do końca wojny nie było ani miesiąca bez przemarszu wojsk, plądrowania przez Duńczyków, Szwedów, Sasów, Austriaków. Dopiero XVII wiek niesie ze sobą stabilizację i normalność, remonty i rozbudowa budowli.
W zwiazku z osiadaniem budynku na podmokłym terenie trumny z krypty pod ołtarzem głównym przeniesiono do podziemia kaplicy św. Jadwigi. W prezbiterium zbudowano dużą tumbe na szczątki Henryka Brodatego obok zaś dla Konrada Feuchtwangena. Kolejne prace remontowe i restauracyjne prowadzono w latach 1670 -1782. W 1755 roku z powodu złego stanu zburzona została wieża klasztorna stojąca we frontowej fasadzie budynku. Na jej miejscu wzniesiono nową, do dziś zdobiąca klasztor. W 1810 roku majątek klasztorny zostaje wystawiony na licytację przez Fryderyka Wilhelma III, który w ten sposób próbował zasilić skarb państwa po wojnach z Napoleonem. Chętnych jednak nie było z racji zubożenia ówczesnego społeczeństwa. Jedyne co udało się sprzedaż to tzw "ruchomy inwentarz" klasztorny za marne grosze. W klasztorze oddanych zostaje do zamieszkania kilka lokali dla pruskich rodzin urzędniczych. W 1812 ulokowano w klasztorze jeńców wojennych kamanii napoleońskiej. W 1816 zostaje w budynku założony lazaret wojskowy dla zakaźnie chorych. Od 1817 do 1857 klasztor staje się fabryką sukna i ulega powolnej dewastacji.Od 1857 do 1870 stoi pusty - nic w nim się nie dzieje.W 1870 południowa połowa klasztoru zostaje sprzedana joannitom a północna w 1889 siostrom boromeuszkom. Rozpoczyna się wspólna odbudowa.Do dziś klasztor pełni funkcje religijne a w latach 70 XX wieku znajdował się w nim szpital powiatowy.
bonczek/hydroforgroup/2005 na podstawie "Trzebnica" - Dolnośląskie Wydawnictwo Oświatowe Wrocław 1973.