Pierwsze wzmianki o przeprawie przez Odrę w okolicach dz. mostu Uniwersyteckiego pochodzą z XIII wieku.

Przebieg tych przepraw był nieco odmienny od współczesnych mostów Uniwersyteckich: jakkolwiek północny jego przyczółek znajdował się tam gdzie dziś - przy Strażniczej i Drobnera. Z kolei południowy był bardziej na zachód, niż dziś, bo w rejonie ul. Więziennej. W tamtych czasach Kępa Mieszczańska nie sięgała tak daleko na wschód, jak obecnie, toteż kolejne przeprawy były pojedynczymi konstrukcjami przez całą szerokość rzeki, co widać na rycinach z tamtego okresu.

Na przestrzeni kolejnych stuleci drewniane mosty były wielokrotnie znoszone a następnie odtwarzane i przebudowywane (w szczególności budowany był dodatkowy poprzeczny pomost mniej więcej w połowie jego długości, biegnący na wschód i łączący go z Kępą Mieszczańską). Zmieniała się także jego nazwa - był "Odrzański", "Środkowy", a później "Długi" - taką nazwę nosił również ostatni drewniany most istniejący w tym miejscu, , który rozebrano w związku z wybudowaniem żelaznego Mostu Uniwersyteckiego, nieco na wschód od dotychczasowego przebiegu starych przepraw.