Pierwsza uczelnia we Frankfurcie nad Odrą (Alma Mater Viadrina, Brandenburgische Universität Frankfurt(niem.)) została założona 26 kwietnia 1506 roku przez księcia elektora brandenburskiego Joachima I. Studiowało w niej wtedy 900 studentów z Niemiec, Śląska, Polski, Szwecji, Norwegii oraz Danii. W tym samym czasie Frankfurt miał tylko 5000 mieszkańców. Rozkazem gabinetowym pruskiego króla Fryderyka Wilhelma III z 24 kwietnia 1811 roku Viadrina została przeniesiona do Wrocławia, tworząc w połączeniu z tamtejszą Akademią Leopoldyńską (Leopoldina) dzisiejszy Uniwersytet Wrocławski.
15 lipca 1991 we Frankfurcie nad Odrą ponownie utworzono uniwersytet, a rok później zainaugurowano pierwszy rok akademicki. Uczelnia nawiązuje do tradycji Viadriny założonej w 1506 roku, jednak prawnym kontynuatorem pierwszej frankfurckiej Alma Mater jest dzisiejszy Uniwersytet Wrocławski.