Początkowo w Zebrzydowicach znajdował się przystanek oddany do użytku w roku 1855 wraz z innymi obiektami kolejowymi uruchomionego wtedy odcinka Bogumin - Trzebinia na C.K. Uprzywilejowanej Kolei Północnej Cesarza Ferdynanda. Na przystanku zatrzymywały się pociągi tylko na żądanie ówczesnych właścicieli Zebrzydowic - baronów von Mattencloitów. Od strony Pruchnej wybudowano przed nim wiadukt, który jednak nie służył długo, gdyż błędy w konstrukcji stwarzały niebezpieczeństwo dla podróżnych. Przystąpiono więc do przebudowy trasy, a wiadukt rozebrano. Nowy odcinek linii oddano do użytku 3 listopada 1877 roku. Przy tej okazji wybudowano w Zebrzydowicach właściwe budynki dworcowe, które przetrwały do dziś (obecnie niewykorzystywane, ostatnio mieściła się tam m.in. kolejarska stołówka). Kolejna rozbudowa stacji miała miejsce po roku 1921, kiedy to podzielono Śląsk Cieszyński między Polskę i Czechosłowację. Umowa między obydwoma krajami zakładała, że odprawa celno-paszportowa w ruchu pasażerskim i towarowym będzie odbywała się po stronie polskiej. Przebudowano wtedy całą stację budując m.in. magazyn towarowo-celny, ładownię otwartą i krytą przeładownię, wieżę ciśnień, obrotnicę dla parowozów, domy mieszkalne dla drużyn konduktorskich i parowozowych, urząd celny i dom mieszkalny dla straży celnej oraz nowy budynek dworca zlokalizowany w południowej części stacji i umożliwiający także rewizję celną i paszportową (stary posłużył za dworzec towarowy). Całość oddano do użytku 16 stycznia 1930 roku. Zadbano również o pracowników kolei budując dla nich wzdłuż obecnej ulicy Kochanowskiego szereg domów wielorodzinnych i przedszkole dla ich dzieci (im. Mieczysława i Lidii Gronowskich - dyrektora kolei państwowych i jego żony). Od lutego do kwietnia 1945 roku w rejonie Zebrzydowic miały miejsce działania frontowe, w których budynki stacyjne (w tym dworzec) zostały zniszczone. Po ich zakończeniu wybudowano prowizoryczne drewniane baraki spełniające funkcję dworca, które ostatecznie zostały zastąpione przez wybudowane w latach 60. i istniejące do dziś zabudowania. Prace przy budowie nowego dworca zaprojektowanego przez krakowskie Biuro Projektów DOKP rozpoczęło w roku 1962 Przedsiębiorstwo Robót Kolejowych z Katowic. W roku 2019 na peronach zamontowano nowe wiaty i wyremontowano zdewastowane przejście podziemne łączące perony. Stacja posiada trzy niskie perony (w tym dwa wyspowe) połączone przejściem podziemnym z budynkiem dworcowym, żródło: